Atualizei o pacote xserver.xorg.core para a versão 2:1.3.0.0.dfsg-12ubuntu8.1 e meu eclipse deixou de funcionar.
Para solucionar o problema, execute o seguinte:
sudo apt-get install xserver-xorg-core=2:1.3.0.0.dfsg-12ubuntu8
Maiores informações nos links:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?p=4159759
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/xorg-server/+bug/183969
