Bom,
Tive problemas em não conseguir “commitar” alterações em um servidor SVN, à exemplo do Dyego Carmo e resolvi seguir sua dica, porém sem muito sucesso. A diferença é que meu problema era com o servidor SVN e não o CVS.
A solução que encontrei, foi primeiramente efetuar uma cópia do meu workspace para mante-lo preservado, startei o Eclipse e efetuei um novo chekout do projeto, esta operação apagou meu workspace sobrepondo com os arquivos contidos no servidor, restaurei a cópia efetuada anteriormente para meu workspace, e por último um simples refresh do projeto no Eclipse e efetuado nova sincronização, e tudo resolvido.
Startei o netbeans e tudo estava funcionando perfeitamente. Fica ai a dica se alguém mais estiver com problemas de cache de SVN.